En un giro inesperado y tras varias horas de polémica, la FIFA decidió rectificar su reciente postura y reconocer nuevamente a Boca como campeón del mundo en 2000 y 2003. Esta decisión se produce tras una fuerte controversia generada por un artículo publicado por la casa madre del fútbol, que inicialmente excluyó los títulos del Xeneize en la lista de campeones en la previa del renovado Mundial de Clubes que se llevará adelante en 2025.
El artículo original había causado revuelo al afirmar que el Xeneize no contaba con estos laureles, destacando que el título de 2000 se le había otorgado al Corinthians, ganador del primer Mundial de Clubes celebrado en Brasil. En ese contexto, la FIFA había argumentado que, aunque en 2017 se había aprobado una moción para reconocer a todos los equipos que conquistaron la Copa Intercontinental entre 1960 y 2004, en los años 2001, 2002, 2003 y 2004 la competición no se llevó a cabo.
Sin embargo, ante el aluvión de críticas y la repercusión mediática, el ente madre del fútbol mundial se vio obligada a dar marcha atrás. En su nueva publicación, la entidad no solo incluyó los títulos de Boca, sino que también corrigió la lista de campeones, garantizando que todos los clubes que se alzaron con la Copa Intercontinental estuvieran debidamente reconocidos más allá del paso del tiempo.
Vale mencionar que tampoco se le habían reconocido los títulos de campeón intercontinental al Bayern Múnich (por la final que le ganó justamente a Boca en 2001), Real Madrid (venció a Olimpia de Paraguay en 2002) y Porto (derrotó a Once Caldas de Colombia). Además, sí mencionaron que en las ediciones de 1975 y 1978 no se disputaron las finales entre Independiente-Bayern Múnich y Boca-Liverpool, respectivamente. De esta forma, el único título mundial que la FIFA le reconocía al Xeneize era el de la Intercontinental 1977 tras la victoria ante Borussia Monchengladbach.
Finalmente, los triunfos del Xeneize del 2000 y 2003 no solamente son reconocidos por la Conmebol y UEFA, sino ahora también por la FIFA.